明廷内部因大礼议之争，就收复哈密事掀起“封疆”之狱，处置了甘肃巡抚陈九畴等四十余人后，明朝最终失去对哈密的直接控制。
哈密服属土鲁番，但每年仍向明朝入贡。
当时，哈密居民估计最多不过三四千人。
分成三种，即畏兀儿、回回、哈剌灰。哈剌灰为瓦剌别种，以游牧为生；畏兀儿和回回则主要从事农业。
土鲁番控制哈密后，回回大部留在当地，畏兀儿与哈剌灰则内迁河西，居住在肃州（今甘肃酒泉）附近。
此后，明朝国势日弱，又因哈密得而复失事追究大臣责任，屡兴大狱，许多大臣牵涉其内，捕杀甚多。
最后只好以罢兵息民、专图自治为口实置哈密于不顾不了。
明嘉靖二十四年（1545年），满速儿死。长子沙速嗣“速檀”，居吐鲁番；其弟马黑麻亦称“速檀”居哈密。
明隆庆四年（1570年），马黑麻返吐鲁番嗣兄职。
此后，吐鲁番汗亦势衰力竭，它的领地被叶尔羌汗国占领。
“哈桑这个混蛋，本汗只是让他们将大明使者驱除出境，他竟然敢劫杀大明使者，这下不是捅了马蜂窝吗？快抓他来见本汗！”
大汗亲卫立即行动，很快把哈桑抓到阿卜杜拉面前。
看到儿子，阿卜杜拉大汗传令：
“来人，把哈桑退出去砍了！”
阿卜杜拉这句话，顿时让大臣们目瞪口呆，因为哈桑截杀大明使者是秘密行动，大臣们根本不知道。
看到大汗无缘无故要杀哈桑，大臣们纷纷上前求情：
“大汗不可，不知喀什总督何罪，让大汗大动肝火……”
大臣们不知道怎么回事，可是哈桑自己已经猜到，应该是他截杀大明使者的事情走漏了消息。
大明皇帝那么折磨他羞辱他，父汗却忍气吞声只把大明使者赶出叶尔羌境内，哈桑不服。
见群臣求情，哈桑顿时来了底气，他趴在地上给父汗磕个头后说道：
“父汗息怒，据可靠消息，大明根本就看不起我叶尔羌汗国，我们还没有驱逐大明使者之前，大明就派兵前来攻打哈密，想要收复哈密卫。所以我才杀了大明使者……”
哈桑这些话让叶尔羌汗国群臣和大汗都大吃一惊。
“什么，岂有此理，大明欺人太甚……”
其实这都是哈桑瞎说的，因为哈密现在就控制在他手上，距离叶尔
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